可以全面供应作物生长所需的养分
化肥特点是养分含量高，肥效快而持续时间短，养分较单一；农用有机肥大多是完全肥料，但养分含量低，肥效慢而持续时间长。因此，将化肥与农用有机肥混合施用可取长补短。
可以减少养分固定，提高肥效
化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，从而降低了养分的有效性。若与农家肥混合后，就可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少被土壤固定的机会。
可以保蓄，减少流失，改善作物对养分的吸收条件
化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，这就增加了养分流失的机会。如与农家肥混施，则可以避免这一弊病。
可以调节土壤酸碱性，改良土壤结构
农家肥是微生物生活的原料，化肥供给微生物生长发育的无机营养，两者混用就能促进微生物的活动，进而促进有机肥的分解。