注意因返潮变质，尿素易吸湿，会造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性很强，易结块、潮解；石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，从而影响施用效果。因此，这些化肥应存放在干燥、阴凉处，以防止受潮，尤其是碳酸氢铵储存时包装要密封牢固，避免与空气接触。
注意防火避日晒，氮素化肥经日晒或遇高温后，氮的挥发损失会加快；硝酸铵遇高温会分解氧化，遇火会燃烧，特别是已结块的切勿用铁锤重击，以防爆炸。因此氮素化肥储存时应避免日晒、严禁烟火。
注意因挥发而损失，氨水、碳酸氢铵都是极易挥发损失的，所以储存时要密封。更不能将氮素化肥、过磷酸钙与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，否则会导致氮素化肥挥发及磷肥失效。
注意防腐蚀毒害，由于过磷酸钙具有腐蚀性，所以要防止其与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子。