有机肥不仅是理想的基肥，也可作为追肥，它是作物生长期间提供养分的主要肥料品种。有机肥料做追肥时应注意以下事项：
提前追有机肥料
含有速效养分，但数量有限，大量缓效养分的释放需要一定的过程，有机肥料做追肥时应提前几天。
追施高品质的有机肥
作物快速生长期间需要大量的氮、钾等养分，一般有机肥料中氮、钾养分含量并不高，为保证作物快速生长对养分的需求，要选用氮、钾养分含量较高的高品质有机肥。
制定合理的基追肥分配比例
地温低时，微生物活动弱，有机肥料养分释放慢，可以把施用量的大部分作为基肥施用；而地温高时，微生物分解能力强，如果基肥用量太多，定植前，肥料被微生物过度分解，定植后，立即发挥肥效，有时可能造成作物徒长。所以，高温条件下栽培作物，最好减少基肥施用量，增加追肥用量。
育苗要适量
作物幼苗对养分需要量小，但养分不足不能形成壮苗，既不利于移栽，也不利于以后作物生长。充分腐熟的有机肥料，养分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以发酵充分的发酵有机肥料加入一定量的草碳、蛭石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用，有机肥的用量不能超过营养土总重量的10%。