生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥与化肥相比
1、生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2、生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3、生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4、生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5、生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
生物有机肥与精制有机肥相比
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1、生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2、生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3、生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4、生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5、生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
生物有机肥与农家肥的区别
1、生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2、生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3、生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
生物有机肥与生物菌肥的区别
1、生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2、生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3、生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。